O controle interno é aquele executado por órgão, setor ou agente da própria estrutura administrativa do órgão controlado. Diferencia-se, pois, do controle externo, que é de responsabilidade de órgão externo, não pertencente à estrutura administrativa do órgão.

Assegurar que a Administração atue em consonância com os princípios que lhe são impostos pelo ordenamento jurídico, com os da legalidade, moralidade, finalidade pública, publicidade, motivação, impessoalidade; em determinadas circunstâncias, abrange também o controle chamado de mérito e que diz respeito aos aspectos discricionários da administração pública.